Trente ans avant un étrange phénomène appelé tremblement de l'espace a dévasté le centre de l'Eurasie, causant la mort d'au moins 150 millions de personnes. Depuis lors, les petits tremblements de terre dans l'espace frappent le monde de façon irrégulière. Shidou Itsuka, un lycéen apparemment ordinaire rencontre une mystérieuse fille au sol zéro d'un tremblement de terre spatial et apprend de sa sœur Kotori qu'elle est l'un des Esprits qui sont la vraie cause des tremblements de terre spatiaux qui se produisent quand ils se manifestent dans le monde. Il apprend également que Kotori est le capitaine du vaisseau Ratatoskr et le recrute pour utiliser sa mystérieuse capacité à sceller les pouvoirs des Esprits et les empêcher d'être une menace pour l'humanité. Cependant, il y a une prise: pour sceller un Esprit, il doit la faire tomber amoureuse de lui.