Le film se déroule sur un vaisseau Aegis à la pointe de la technologie, avec la pleine coopération du ministère japonais de la Défense et de la Force d'autodéfense maritime. Le cadavre d'un membre de la Force d'autodéfense a été trouvé — moins le bras gauche — et un espion a infiltré le vaisseau Aegis. L'héroïne Ran est mise en danger, et Conan est forcé de se dresser contre le dangereux Spy X.