Après les événements de 02, tout revient enfin à la normale. C'est-à-dire jusqu'à ce qu'une icône étrangement familière commence à apparaître sur les systèmes informatiques autour du Japon. Et pas seulement les systèmes informatiques... Télévisions, téléphones mobiles, jeux vidéo; tout ce qui a un écran avec des capacités en ligne. Et cette icône semble chercher de la somone... Yagami Taichi et Ishida Yamato, qui l'ont battu plusieurs années auparavant. Oui, il s'avère que ce digimon méduse est en fait Diablomon, le Digimon de type Virus qui a été battu dans le deuxième film. Mais cette fois, il a appris à se rendre physique, et il envoie des milliers de copies de lui-même dans le monde réel. Koushiro et Ken conçoivent un plan pour débarrasser le monde du virus une fois pour toutes, mais il faudra l'aide de tous les destinés, passés et présents. Encore une fois, c'est une course contre le temps pour arrêter l'intrigue de Diablomon... mais même cela est caché dans l'ombre. Le réveil d'Omagamon suffira-t-il pour arrêter Diablomon une deuxième fois, ou les millions d'exemplaires s'avéreront-ils assez d'un coup de pouce pour abattre le champion de justice Digimon ? Bien sûr, il n'a pas vu la nouvelle race de Chosen, ni les nouvelles techniques. C'est un combat jusqu'au bout, avec la destruction de Tokyo reposant sur la ligne.