C'est l'année 2020. Le Réseau est devenu quelque chose que les humains ne peuvent plus faire sans dans leur vie quotidienne. Mais ce que les humains ne savent pas, c'est que de l'autre côté du Réseau est le monde numérique, un royaume de lumière et d'obscurité. Ils ne sont pas non plus conscients des Digimon qui y vivent. Des difficultés de réseau généralisées apparaissent, centrées sur la région de Tokyo. Les signaux de circulation clignotent chaotiquement, les téléviseurs publics en plein air affichent du texte garbré, et ainsi de suite. Les nouvelles le rapportent comme un cas de cyberterrorisme. Taichi Yagami est resté seul pour se préparer à un camp d'été, mais sa mère et sa petite sœur Hikari sont allés à Shibuya, et maintenant ils sont à bord d'un train en fuite. Taichi hurle à Shibuya pour sauver sa mère et sa sœur, mais l'instant où il se dirige vers la plate-forme de la station... un phénomène étrange frappe le DigiDestined, et Taichi va dans le monde numérique ! Les DigiDestined rencontrent leur partenaire Digimon, et ils sont confrontés à une aventure dans l'inconnu...!