Masaru, un étudiant de deuxième année et un street-fighter invaincu, est sur le point d'apprendre le sens du mot travail d'équipe. Après l'évasion d'Agumon, DATS, une organisation qui s'occupe de Digimon, il finit par se battre avec Masaru. Bientôt Yoshino et Lalamon viennent capturer Agumon, et les deux combattants s'échappent. Après l'apparition d'un démon Digimon, c'est à Masaru et Agumon de le vaincre avec leur charge ADN. Bientôt, Masaru doit rejoindre DATS pour mettre fin à la venue de Digimon sur Terre. Avec l'aide de Yoshino, Ikuto et Touma, le groupe doit arrêter tout Digimon maléfique qui apparaît, et les rendre au monde numérique. Mais tout ne va pas comme prévu...