Takato Matsuda, Ruki Matsuno et Lee Jendrya sont des enfants qui, par le destin, ont reçu de vrais Digimon, contrairement à ceux imaginaires dans le jeu de cartes qu'ils jouent. Chacun des enfants, ou Digimon Tamers, ont leur point de vue différent sur la façon dont Digimon devrait être traité. Mais quand d'autres Digimon commencent à apparaître autour du Japon, ils doivent mettre de côté leurs différences pour repousser les intrus numériques ; même si Yamaki, qui est le chef d'une organisation secrète appelée Hypnos, essaie d'éliminer tous les Digimon lui-même.