Tout le monde dans le monde utilise des applications de smartphone. Mais à l'intérieur il y a des créatures inconnues appelées Appli Monsters, ou Appmon. Les Appmon sont des formes de vie AI avec la capacité de penser et d'agir, et existent dans la frontière entre le monde humain et l'espace numérique pour permettre aux gens et au système d'interagir et de fonctionner. Mais dans la vaste mer d'Internet, le dernier patron AI Leviathan prend le contrôle de l'Appmon avec un virus et commence à pirater chaque système, commençant ainsi à contrôler le monde humain du monde du net. Le protagoniste, Haru Shinkai, est conduit à acquérir l'Appli Drive, et l'utilise pour matérialiser Gatchmon, un monstre d'application de recherche. Quel est le secret caché dans l'Appli Drive ? Quel est le champ mystérieux qui existe entre le monde net où l'Appmon existe, et le monde réel? Qu'est-ce que l'App Combine qui peut combiner deux Appmons ? Quel est le vrai but de Léviathan ?