Le Diclonius, homosapien muté qui serait choisi par Dieu et deviendra finalement la destruction de l'humanité, possédera deux cornes sur leur tête et aura un sixième sens qui leur donne des capacités télékinétiques. En raison de ce pouvoir dangereux, ils ont été capturés et isolés dans des laboratoires par le gouvernement. Lucy, une jeune et psychotique Diclonius, parvient à se libérer de ses limites et assassine brutalement la plupart des gardes du laboratoire où elle est détenue, pour se faire tirer dans la tête à mesure qu'elle s'échappe. Elle survit, tombant d'une falaise dans l'océan et parvient à dériver le long d'une plage où deux adolescents, Koouta et Yuka, la découvrent. Ayant perdu ses souvenirs, elle a été nommée d'après la seule chose qu'elle peut maintenant dire, Nyuu, et les deux lui permettent de rester à la maison de Koouta. Cependant, il semble que le côté psychotique de Lucy n'est pas encore mort...