Au Japon en 2035, un accident connu sous le nom de Burst se produit lors d'un projet de recherche, frayant une forme de vie artificielle hors de contrôle appelée Matière qui s'est répandue dans la gorge de Kurobe. La ville de recherche qui était autrefois saluée comme l'espoir pour l'humanité est coupé par le gouvernement. Deux ans plus tard, Aiko Tachibana, 15 ans, qui a perdu sa famille dans le Burst, apprend quelque chose d'incroyable de Yuya Kanzaki, une nouvelle élève de son école. Un secret est caché dans son corps, et la réponse au puzzle se trouve à la Point Primaire qui était le centre de la Burst. Quand un garçon rencontre une fille avec le destin de l'humanité dans ses mains, quelle nouvelle vérité va venir à la lumière?