Élevé par un mystérieux sorcier après la mort de ses parents dans un incendie catastrophique, Shirou Emiya vient tout juste de commencer à apprendre de petits trucs de magie. Quand il est pris dans une bataille entre deux puissants Mages, cependant, il finit par exécuter un sort au-dessus de sa capacité attendue, appelant accidentellement une belle femme chevalier pour le protéger. Shirou est ainsi poussé à contrecœur dans la compétition connue sous le nom de Guerre du Graal Saint où sept Mages appelés Maîtres, avec leurs partenaires spirituels appelés Serviteurs, se battent pour acquérir un artefact puissant dit pour accorder chaque souhait.