L'histoire de Fortune Arterial tourne autour du protagoniste masculin Kohei Hasekura, qui passe dans une prestigieuse école publique dans le style d'une école anglaise de six ans englobant les étudiants du premier et du deuxième cycle. L'école est située sur une île appelée île de Tamatsu, en large du Japon, et la seule façon d'y arriver est en bateau. Peu après son transfert, il découvre qu'un des élèves de la classe à côté de son, Sendo Erika, est en fait un type de vampire.