Un alchimiste fugitif aux capacités mystérieuses conduit les frères Elric dans une vallée lointaine de bidonvilles habités par les Milos, un peuple fier qui lutte contre l'exploitation bureaucratique. Ed et Al se retrouvent rapidement au milieu d'une rébellion montante, tandis que les exilés Milos se battent contre leurs oppresseurs. Au cœur du conflit se trouve Julia, une jeune alchimiste amie d'Alphonse. Elle ne s'arrêtera à rien pour restaurer les Milos à leur ancienne gloire – même si cela signifie exploiter l'horrible puissance de la mythique Pierre du Philosophe.