L'année est 2046. Haruyuki Arita est un jeune garçon qui se retrouve aux échelons sociaux les plus bas de son école. Atteint de sa vie misérable, Haruyuki ne peut faire face qu'en jouant à des jeux virtuels. Mais cela change quand Kuroyukihime, la fille la plus populaire de l'école, lui présente un programme mystérieux appelé Brain Burst et une réalité virtuelle appelée le monde Accel.