L'histoire se déroule au Japon au début de l'été 2015. 180 000 personnes vivent à Tachikawa City, la deuxième métropole de la région de Tokyo. Parmi eux se trouvent Gatchaman—les guerriers qui se battent en costumes renforcés spéciaux alimentés par NOTE, la manifestation de pouvoirs spirituels spéciaux dans les êtres vivants. Un conseil a repéré un groupe d'individus dotés de pouvoirs latents pour protéger la Terre des criminels étrangers. Ces dernières années, le conseil a chargé des guerriers de Gatchaman de traiter avec la mystérieuse entité connue sous le nom de MESS.