C'est Tokyo, 1969. La Terre est attaquée par les Invaders. Heureusement, le public n'en est pas conscient. Mais pour l'orginazation secrète, A.E.G.I.S., la menace est très réelle, et c'est à eux d'arrêter cette invasion. Un jour, Ukiya Shun observe une bataille entre une jeune fille et un groupe d'Invaders. Il finit par l'aider et découvre que beaucoup comme la fille, il possède la capacité de générer une porte de pouvoir spécial qui seulement quelques autres personnes sont douées. En conséquence, Ukiya rejoint alors A.E.G.I.S. dans un effort pour recruter d'autres gardiens de porte afin de protéger la ville, tout en faisant de son mieux pour ne pas imiter son défunt père, qu'il dénigre.