Sasahara Kanji est une étudiante qui décide de rejoindre une société étudiante pour partager ses pensées cachées sur le manga, l'anime et le jeu. Lorsqu'il a visité Genshiken, court pour Gendai Shikaku Bunka Kenkyu Kai (Société pour l'étude de la culture visuelle moderne), sa fierté sans fondement a été détruite par le complot de Madarame, un étudiant de deuxième année à Genshiken, mais il ne pouvait toujours pas admettre qu'il est un otaku. Cependant, alors qu'il participe à des activités sociales telles que la visite de magasins de dojin (édition privée) et de festivals animés, et qu'il traîne avec d'autres membres de la société Kosaka (un otaku hardcore malgré ses excentricités extrêmes et ses beaux looks), la petite amie de Kosaka Kasuga Saki (qui n'est pas vraiment un otaku), Ohno (un cosplayer) et les autres, il ouvre son esprit et décide qu'il fera son chemin dans le monde otaku. Avec leur aide, Sasahara s'adapte lentement à la vie otaku à Genshiken.