C'est un nouveau semestre à l'Université Shiiou, et pour la Société pour l'étude de la culture visuelle moderne, AKA Genshiken, qui ne peut signifier qu'une chose - nouvelles recrues de première année! Fondée à l'origine comme un club pour otaku pour discuter de leur amour sans ambages d'anime, de manga et de jeux vidéo les uns avec les autres, l'actuel président de Genshiken, Chika Ogiue, peut avoir mordu plus qu'elle ne peut mâcher en recrutant un groupe de fujoshis obsédés par le yai pour rejoindre leurs rangs ! Pendant ce temps, les membres originaux de Genshiken qui ont depuis obtenu leur diplôme se retrouvent en train de s'accommoder de leur nouvelle vie en tant que membres productifs de la société.