Mitsuha Miyamizu, une lycéenne, aspire à vivre la vie d'un garçon dans la ville animée de Tokyo - un rêve qui contraste fortement avec sa vie actuelle à la campagne. Pendant ce temps dans la ville, Taki Tachibana vit une vie bien remplie en tant qu'élève du secondaire tout en jonglant avec son travail à temps partiel et espère un avenir en architecture. Un jour, Mitsuha se réveille dans une pièce qui n'est pas la sienne et se retrouve soudain à vivre la vie de rêve à Tokyo - mais dans le corps de Taki! Ailleurs, Taki se retrouve à vivre la vie de Mitsuha dans l'humble campagne. À la recherche d'une réponse à cet étrange phénomène, ils commencent à se chercher. Kimi no Na wa. tourne autour des actions de Mitsuha et Taki, qui commencent à avoir un impact dramatique sur la vie de l'autre.