22 juillet 2009. Galaxy Express 999 a fait un bref arrêt à Kagoshima le jour de l'éclipse solaire totale. Tetsuro donne un laissez-passer pour le 999 à un garçon nommé Kakeru rêvant de devenir astronaute, disant que c'est à vous de savoir si vous pouvez utiliser ce laissez-passer ou non. Maintenant il est 2035, une autre éclipse solaire totale est attendue au Japon, 26 ans depuis la dernière. Qu'est-il devenu de Kakeru ?