Après un hiatus d'un an, Shinpachi Shimura revient à Edo, pour tomber sur une surprise choquante : Gintoki et Kagura, ses collègues membres Yorozuya, sont devenus des personnages complètement différents ! Fuyant le siège de Yorozuya dans la confusion, Shinpachi trouve que tous les denizens d'Edo ont subi des changements impossibles extrêmes, à la fois dans l'apparence et la personnalité. Très incroyablement, sa sœur Otae a épousé le chef Shinsengumi et harceleur sans honte Isao Kondou et est enceinte de leur premier enfant. Déconcerté, Shinpachi accepte de rejoindre le Shinsengumi à la demande d'Otae et Kondou et trouve encore plus surprenantes transformations à pied à la fois dans et hors des rangs de l'organisation. Cependant, découvrant que le vice-chef Toushirou Hijikata est resté inchangé, Shinpachi et son allié peu probable Shinsengumi se sont mis à retourner la ville d'Edo à la façon dont ils se souviennent. Avec des blagues encore plus sales, des parodies lang-in-cheek, et des références sans honte, Gintama' suit l'équipe de Yorozuya à travers plus de leurs mésaventures dans le monde vibrant et alien d'Edo.