Gintoki et ses amis Yorozuya (ou plutôt des employés souffrant de violations du travail), Shinpachi et Kagura, continuent de se faufiler dans la ville futuriste et infestée d'extraterrestres d'Edo. Ils prennent le travail qu'ils peuvent trouver tout en essayant de ne pas s'impliquer dans quelque chose de trop dangereux. Mais lorsque Katsura, le chef des rebelles Joui et la connaissance de longue date de Gintoki, disparaît après avoir été brutalement attaqué par un assassin inconnu, Shinpachi et Kagura commencent une enquête sur son sort et l'identité de l'assaillant. Pendant ce temps, Gintoki prend un travail apparemment sans rapport: le forgeron Tetsuya demande à Gin de récupérer une épée étrange et puissante appelée Benizakura qui a été récemment volée. Alors que les deux enquêtes se croisent progressivement, l'équipage de Yorozuya se retrouve au milieu d'une conspiration majeure qui repose sur la nature sinistre de l'épée de Benizakura. Gintoki décide de mener le combat directement au quartier général ennemi et, avec quelques alliés inattendus, entreprend l'un de ses emplois les plus périlleux à ce jour.