Gintoki, Shinpachi et Kagura reviennent comme les membres amusants mais brisés de l'équipe Yorozuya! Vivant dans un Edo de réalité alternée, où les épées sont interdites et les surmaîtres extraterrestres ont conquis le Japon, ils essaient de prospérer en faisant n'importe quel travail qu'ils peuvent obtenir leurs mains. Cependant, Shinpachi et Kagura n'ont toujours pas été payés... Gin-chan dépense vraiment tout cet argent en jouant au pachinko ? Pendant ce temps-là, quand Gintoki s'enflamme une nuit, un vaisseau extraterrestre s'écrase à proximité. Un membre d'équipage mortellement blessé sort du navire et donne à Gintoki un étrange dispositif en forme d'horloge, l'avertit qu'il est incroyablement puissant et doit être protégé. Décidément pour son réveil, Gintoki va casser l'appareil le lendemain matin et découvre soudain que le monde à l'extérieur de son appartement s'est arrêté. Avec Kagura et Shinpachi à ses côtés, il part pour faire réparer l'appareil; cependant, comme d'habitude, rien n'est jamais aussi simple pour l'équipe de Yorozuya. La troisième saison de Gintama, remplie d'humour et d'émotions profondes, retrouve Gintoki et ses amis face à leurs mésaventures les plus hilarantes et aux crises les plus dangereuses.