Cinq jeunes d'Edo City explorent une île rocheuse étrange et découvrent la mecha que le docteur Hoarai avait créée pour résister à l'attaque imminente d'une race de rocks souterrains. Le docteur Hoarai a été ridiculisé par la communauté scientifique pour ses prédictions qu'une telle attaque aurait lieu. Les jeunes décident de se joindre au médecin (qui était mort mais avait transféré son esprit dans un ordinateur) pour piloter les véhicules et protéger la Terre. L'équipe Gowapper 5 Godam est née ! Avec l'aide du robot de combat géant Godam, l'équipe Gowapper sous la direction de Yoko Misaki doit affronter les hordes du peuple souterrain inhumain.