L'histoire de Gundam Build Fighters Try est établie 7 ans après la fin de la 1ère série, quand Iori Sei et Reiji ont remporté les 7èmes Championnats du monde de combat Gunpla. Maintenant, le Gunpla Battle Club de l'Académie Seiho n'a qu'un membre, Hoshino Fumina, qui est un élève de troisième année au collège. En tant que présidente du club, elle a besoin de deux autres membres pour participer aux prochains Championnats de la Bataille All-Japan Gunpla. Un jour, elle rencontre un étudiant en transfert nommé Kamiki Sekai, qui a voyagé pour la formation de Kenpo avec son maître. Puis se joindre à un jeune constructeur de Gunpla Kousaka Yuuma, leur défi à la bataille de Gunpla commence...