L'histoire se concentre autour de Nyarlko, une divinité Cthulhu sans forme qui peut prendre la forme de n'importe qui qu'elle souhaite, mais surtout la forme d'une fille apparemment ordinaire aux cheveux argentés. Mahiro Yasaka est un lycéen normal qui est poursuivi par des extraterrestres une nuit, jusqu'à ce que Nyarlko le sauve.