Cent ans après des changements catastrophiques dans les plaques tectoniques ont fait submerger la majeure partie de sa région, le Japon prospère maintenant en tant que nation maritime. Des villes performantes bordent les côtes du Japon et des routes maritimes bien développées sont défendues par des navires navals spécialisés. L'industrie maritime est florissante, et les jeunes filles sont impatientes de rejoindre les Mermaïds bleus, des femmes hautement qualifiées qui consacrent leur vie à protéger les mers. Après un certain temps à part, les amis d'enfance Akeno Misaki et Moeka China sont réunis au Yokosuka Girls' Marine High School. Ici ils sont rejoints par d'autres qui partagent leur rêve de devenir Mermaids Bleus. Bientôt, des exercices d'entraînement commencent, Akeno et Moeka étant mis en charge de leurs propres navires et équipages. Tout progresse sans heurts pour Akeno alors qu'elle s'installe dans son rôle de capitaine et construit une camaraderie entre ses collègues à bord du Harekaze, un navire destroyer. Cependant, les défaillances inattendues du moteur et de la navigation laissent bientôt leur navire échoué et l'équipage en danger. École secondaire La flotte suit le vaillant équipage de Harekaze alors qu'ils naviguent dans des eaux pernicieuses et d'autres obstacles à leur quête pour devenir des sirènes bleues à part entière.