L'histoire se déroule après la fin de la finale du tournoi de Holy Road de la première Inazuma Onze GO anime, et Tenma retourne au lycée junior de Raimon. Cependant, ce n'est pas le Raimon dont Tenma se souvient, et les membres de l'équipe Raimon ne jouent plus au soccer. Tenma se rend compte que c'est un monde parallèle quand Alpha, le capitaine et l'avant de l'équipe Protocole Omega, apparaît devant lui. Alpha fait partie d'un projet secret dans le futur pour éliminer le soccer. Pour aider Tenma dans ses aventures, le fourgon Inazuma Caravan vu dans le précédent Inazuma Onze anime a été modifié en une machine à temps de vol.