Le scientifique fou excentrique et autoproclamé Rintarou Okabe est devenu une coquille de son ancien moi. Déprimé et traumatisé après avoir échoué à sauver son ami, il a décidé d'abandonner son scientifique fou alter ego et de vivre comme un étudiant ordinaire. Entouré d'amis qui connaissent peu ses expériences de voyage, Okabe passe ses jours à essayer d'oublier les horreurs de ses aventures seules. Tout en travaillant comme réceptionniste dans un forum de technologie collégiale, Okabe rencontre le court, stupéfiant Maho Hiyajo, quilater s'avère être l'interprète lors de la présentation du forum, dirigée par le professeur Alexis Leskinen. Devant une foule stupéfaite, Alexis et Maho dévoilent Amadeus, une AI révolutionnaire capable de stocker les souvenirs d'une personne et de créer une simulation parfaite de cette personne avec sa personnalité et ses bizarreries. Rencontre avec Maho et Alexis après la présentation, Okabe apprend que les deux étaient les collègues de Kurisu à l'université, et qu'ils l'ont simulée à Amadeus. Embauché par Alexis pour étudier le comportement de la simulation, Okabe a la chance d'interagir avec l'ombre d'un ami perdu depuis longtemps. Dangereusement embrouillé dans le passé, Okabe doit faire face à la dure réalité et manœuvrer soigneusement autour des conséquences désastreuses qui viennent avec perturber le flux naturel du temps.