En 1937, avant la Seconde Guerre mondiale commence sérieusement. Le lieutenant-colonel Yuuki de l'armée impériale japonaise forme l'Agence D, une unité de renseignement de l'armée sous son commandement et sa tutelle. L'état-major de l'Armée attache le lieutenant Sakuma pour observer le rendement de l'unité. D Agence jette un large filet pour trouver des agents au-delà du personnel militaire japonais, et Yuuki établit les principes de D Agence, qui vont contre la doctrine IJA: Ne tuez pas, ne vous faites pas tuer, ne vous faites pas capturer. Avec cela, Yuuki forme une équipe d'agents qui effectuent des missions contre les puissances nationales et étrangères.