Il y a plus de dix ans, un affrontement entre le roi rouge Genji Kagutsu et le roi bleu Jin Habari a conduit à ce qui allait devenir plus tard connu sous le nom d'incident de Kagutsu – une catastrophe catastrophique qui a anéanti une partie de l'est du Japon, faisant plus de 700 000 morts, y compris celle des deux rois. Des années plus tard, Goki Zenjo, ancien homme de droite de Jin Habari et survivant de l'incident, retourne travailler pour le SCEPTER 4, maintenant sous le commandement de Reisi Munakata, le nouveau Roi Bleu. Cependant, Zenjo a encore du mal à accepter Munakata comme son nouveau roi. Un jour, Munakata demande à Zenjo de former personnellement une jeune nouvelle recrue nommée Takeru Kusuhara, en insistant sur le fait que ses enseignements deviendront cruciaux pour l'avenir de SCEPTER 4.