L'année est 2002, et le Marine Express, le premier train sous-marin entre l'Amérique et le Japon, est prêt pour son voyage inaugural. Le chef mécanicien soupçonne que la course d'essai du train sera utilisée à des fins illicites et engage le détective privé Ban Shunsaku. Il arrive dans la maison de son client pour découvrir qu'il vient d'être assassiné. Armé d'un simple aperçu du visage de l'assassin, Shunsaku embarque sur le Marine Express pour atteindre le fond de ce mystère. Ce travail, cependant, est beaucoup plus que ce qu'il a négocié, car le train détient des secrets au-delà de l'imagination de quiconque.