Janvier 1999 : L'apprenti Mage Azaka Kokutou, la plus jeune sœur de Mikiya, a reçu l'ordre de son mentor, Touko Aozaki, d'enquêter sur un certain incident dans lequel des fées volent les souvenirs d'élèves de l'école d'Azaka, Reien Academy. Azaka lance une enquête avec l'aide de Shiki.