En février 1999, une série de meurtres a mis Shiki Ryougi et Mikiya Kokutou au bord. Ces crimes partagent une ressemblance inquiétante avec un ensemble similaire d'homicides à partir de 1995, quand Shiki et Mikiya se sont rencontrés pour la première fois, et éveillent un désir sombre et meurtrier qui a dormant dans l'âme de Shiki depuis lors. Shiki étant soupçonnée en raison de son implication dans les meurtres passés et de la ressemblance supposée avec le tueur, elle et Mikiya se sont mises à trouver le véritable coupable. Au milieu de leurs enquêtes séparées, Mikiya s'intéresse de plus en plus au bien-être de Shiki et s'empresse de trouver celui qui est responsable pour protéger Shiki de ses propres impulsions. Avec l'exemple qu'il reçoit de son cousin, l'enquêteur de police Daisuke Akimi, Mikiya est conduit dans le sous-ventre de Mifune City, comme le salut de l'âme de Shiki réside dans sa détermination à prouver son innocence une fois pour toutes.