Trois jeunes filles, Hikaru, Umi et Fuu, sont transportées dans un monde magique appelé Cephiro lors d'un voyage à Tokyo Tower. Ils sont bientôt accueillis par Maître Mage Clef, qui leur explique qu'ils ont été convoqués pour devenir les Chevaliers Magiques Légendaires et sauver Cephiro. Les filles sont moins enthousiastes à propos de cette idée, et veulent seulement rentrer chez elles. Clef explique en outre qu'ils doivent chercher les trois Dieux Rune pour les aider à combattre. Il donne des armures et des pouvoirs magiques à chacun d'eux. Ils apprennent de Clef que le Grand Prêtre Zagato a enlevé le Pilier de Cephiro, la princesse Emeraude. Le Pilier de Cephiro a la seule responsabilité de garder Cephiro en vie et en équilibre avec ses prières. Sans la princesse Emeraude, Cephiro tomberait en ruine. Hikaru, Umi et Fuu doivent se battre contre l'homme de main de Zagato et trouver les Dieux Runes s'ils veulent rentrer à la maison. Ils apprennent bientôt que l'amitié et la loyauté sont les seules choses sur lesquelles ils peuvent compter dans le Cephiro qui s'effondre.