Se déroulant un an et demi après Psycho-Pass, ayant appris la vraie nature du Système Sibyl, Akane Tsunemori a choisi d'obéir au système, croyant à la fois en l'humanité et en l'ordre juridique. Elle fait partie d'une nouvelle section de police et passe sa vie quotidienne à affronter des criminels. À l'insu d'Akane, cependant, un monstre qui va secouer le système jusqu'à son noyau est sur le point d'apparaître devant elle.