C'est à la mi-décembre, et le chef de la brigade SOS Haruhi Suzumiya annonce que la brigade va organiser une fête de Noël dans leur salle de club, avec un hotpot japonais pour dîner. Les membres de la brigade Kyon, Yuki Nagato, Mikuru Asahina et Itsuki Koizumi commencent à tout préparer pour la fête, comme les costumes et les décorations. Mais quelques jours plus tard, Kyon arrive à l'école pour découvrir que Haruhi a disparu. Non seulement cela, mais Mikuru affirme qu'elle n'a jamais connu Kyon auparavant, Koizumi a également disparu, et Yuki est devenu le seul membre du club de littérature. La brigade SOS semble n'avoir jamais existé, ni Haruhi Suzumiya. Personne à l'école n'a jamais entendu parler d'elle... sauf Kyon.