Kyon, votre lycéen typique, a depuis longtemps abandonné sa croyance au surnaturel. Cependant, en rencontrant Haruhi Suzumiya, il découvre rapidement que c'est le surnaturel qui l'intéresse—des extraterrestres, des voyageurs du temps et des espers entre autres. Quand Haruhi se lamente du manque de clubs intrigants autour de l'école, Kyon inspire Haruhi à former son propre club. En conséquence, la Brigade SOS est formée, un club spécialisé dans tout ce qui est surnaturel. À son grand dam, Kyon, ainsi que le rat de bibliothèque silencieux, Yuki Nagato, le timide et timide Mikuru Asahina et le perpétuellement souriant Itsuki Koizumi, sont recrutés comme membres. L'histoire suit les folles aventures que ces quatre-là endurent sous leur chef fantasque, Haruhi. L'histoire est basée sur les light novels de Nagaru Tanigawa.