Black Jack est un médecin non enregistré avec un passé obscurci et mystérieux. Il travaille avec son petit assistant Pinoko (qui a un béguin massif sur le médecin), traitant de cas médicaux peu connus, qui peuvent être étranges, dangereux, ou pas du tout connus. Mais il est un génie, et peut sauver presque n'importe quelle vie de ses patients (tant qu'ils ont l'argent pour elle, c'est-à-dire), et est connu de beaucoup partout dans le monde, en particulier à ceux de la médecine et de la science. C'est un homme de science lui-même, et il ne croit pas beaucoup jusqu'à ce qu'il l'ait vu, mais il est souvent surpris par l'amour et la nature qui dominent souvent la science dans laquelle il fonde sa vie.