Dororo, un jeune voleur orphelin, rencontre Hyakkimaru, un puissant ronin. Le père de Hyakkimaru, un seigneur féodal cupide, avait conclu un pacte avec 12 démons, offrant les parties du corps de son fils encore à naître en échange d'un grand pouvoir. Ainsi, Hyakkimaru - qui est né sans bras, jambes, yeux, oreilles, nez ou bouche - a été abandonné dans une rivière alors qu'il était bébé. Sauvé et élevé par le Dr Honma, qui l'équipe de membres artificiels et lui enseigne les techniques de combat à l'épée, Hyakkimaru découvre que chaque fois qu'il tue un démon, un morceau de son corps est restauré. Maintenant, il parcourt la campagne déchirée par la guerre à la recherche de démons.