Adaptation animée du jeu vidéo Nintendo 3DS de Niveau 5. Un jour, l'étudiante de l'école primaire Keita Amano ('Nate' dans la localisation anglaise) remarque une étrange capsule de jouet qui lui dit d'insérer de l'argent qu'il fait obéissant. Mais après avoir ouvert la capsule qui est sortie, une créature fantôme nommée Whisper se matérialise. Whisper, scellé dans la capsule, récompense son libérateur Keita en devenant son majordome Yo-kai et lui donne une montre Yo-kai. Celui qui porte la montre gagne la capacité de voir des créatures surnaturelles appelées Yo-kai, chaque type possédant différents types de capacités magiques, et qui sont normalement invisibles pour les humains. La montre Yo-kai permet également au porteur d'appeler n'importe quel Yo-kai qu'il a aimé, lui permettant de faire usage des pouvoirs du Yo-kai. Keita et Whisper l'utilisent pour rencontrer de nombreux Yo-kai malicieux autour de la ville, en résolvant les problèmes qu'ils causent et en étant amis avec beaucoup en même temps.