Après cinq ans d'insouciance, le lycéen Taiju Ooki est enfin prêt à confesser son amour à Yuzuriha Ogawa. Juste au moment où Taiju commence sa confession, une lumière verte aveuglante frappe la Terre et pétrifie l'humanité à travers le monde, transformant chaque homme en pierre. Plusieurs millénaires plus tard, Taiju se réveille pour trouver le monde moderne complètement inexistant, comme la nature a prospéré dans les années l'humanité est restée immobile. Parmi un monde de statues en pierre, Taiju rencontre un autre être humain vivant : son ami scientifique Senkuu, qui est actif depuis quelques mois. Taiju apprend que Senkuu a développé un grand projet – pour lancer la renaissance complète de la civilisation avec la science. Les cerveaux de Taiju et de Senkuu se combinent pour forger un formidable partenariat, et ils découvrent bientôt une méthode pour raviver ces pétrifiés. Cependant, le plan directeur de Senkuu est menacé lorsque ses idéologies sont contestées par ceux qui s'éveillent. Pendant tout ce temps, la raison de la pétrification de l'humanité reste inconnue.