La deuxième saison du Dr. STONEArmé du pouvoir de la science et d'un génie intellectuel, Senku est déterminé à sauver l'humanité. Cependant, l'empire de Tsukasa poursuit l'offensive pour arrêter le progrès de la science. Les choix de bolder sont faits alors que ces deux commencent une guerre qui déchire le monde de la pierre.