Haruka Nanase a un amour pour l'eau et une passion pour la natation. À l'école primaire, il a participé et remporté une course de relais avec ses trois amis Rin Matsuoka, Nagisa Hazuki et Makoto Tachibana. Après avoir remporté la victoire au tournoi, les quatre amis se sont séparés. Des années plus tard, ils se réunissent en tant qu'élèves du secondaire; cependant, Rin ne pouvait pas se soucier de revenir à la façon dont les choses étaient. Non seulement il fréquente une école différente, mais la seule chose importante pour lui est de prouver qu'il est un meilleur nageur que Haruka. Après la réunion amère, Haruka, Nagisa et Makoto décident de former le Club de natation du lycée d'Iwatobi, mais ils auront besoin d'un quatrième membre s'ils espèrent participer au tournoi à venir. Entrez Rei Ryuugazaki, un ancien membre de l'équipe de piste que Nagisa recrute. Alors que le temps de la compétition approche, les quatre développent un lien étroit tout en s'entraînant intensément pour sortir au sommet et régler les choses entre Haruka et Rin une fois pour toutes.