Haute vitesse☆!: Gratuit! Starting Days plonge dans le passé des membres du club de natation d'Iwatobi aux côtés de leurs collègues nageurs et concurrents. Haruka Nanase et Makoto Tachibana ont commencé le collège et doivent s'adapter aux changements qui accompagnent leur croissance. Alors que Makoto s'intègre à ses camarades de classe et reste positif sur la natation, Haruka a du mal à se lier d'amitié avec les autres ou à rejoindre le club de natation de son école, car ses problèmes précédents avec la natation le dérangent. Se distançant de ses camarades de classe animés et du club de natation, il a du mal à décider quel club rejoindre à la place. Le reste de ses camarades de classe, y compris Makoto, hésite également quant aux clubs auxquels participer. Après qu'une dispute les ait amenés à rejoindre le club de natation de toute façon, les garçons s'efforcent de perfectionner leurs compétences, d'harmoniser leurs styles de natation et d'affiner leurs sentiments contradictoires envers la natation et l'autre. Alors que la détermination et le talent sont au rendez—vous, Haruka et Makoto—ainsi que leurs camarades de classe-se découvrent et améliorent leurs talents pendant leurs premiers jours.