Munich, Allemagne, 1923. Deux ans se sont écoulés depuis qu'Edward Elric a été traîné de son propre monde au nôtre, laissant derrière lui son pays, ses amis et son frère cadet, Alphonse. Découpé de ses pouvoirs alchimiques, il a été tout ce temps à la recherche de fusées avec Alphonse Heiderich, un jeune homme qui ressemble à son propre frère, espérant un jour trouver un chemin de retour à la maison. Ses efforts jusqu'à présent s'étaient avérés vains, mais après avoir prêté main à une gitane troublée, Edward est lancé dans une série d'événements qui peuvent causer des ravages dans les deux mondes. Pendant ce temps, dans son propre monde, Alphonse Elric s'aventure plus profondément dans les mystères de l'alchimie en quête d'un moyen de retrouver son frère aîné.