Les règles de l'alchimie stipulent que pour gagner quelque chose, il faut perdre quelque chose de valeur égale. L'alchimie est le processus de démontage et de reconstruction d'un objet en une entité différente, avec les règles de l'alchimie pour régir cette procédure. Cependant, il existe un objet qui peut amener n'importe quel alchimiste au-dessus de ces règles, l'objet connu sous le nom de Pierre du Philosophe. Le jeune Edward Elric est un alchimiste particulièrement talentueux qui, par accident, a perdu son jeune frère Alphonse et une de ses jambes. Sacrifiant l'un de ses bras aussi, il a utilisé l'alchimie pour lier l'âme de son frère à une armure. Cela mène au début de leur voyage pour restaurer leur corps, à la recherche de la légendaire Pierre du Philosophe. Note: Les épisodes 11, 12 et 37 ont été adaptés du roman léger Fullmetal Alchemist: The Land of Sand.