Après avoir emménagé dans la paisible ville de Hinamizawa, Maebara Keiichi passe ses journées à l'école, jouant souvent à des jeux avec ses amis locaux. Cependant, les apparences peuvent être trompeuses. Un jour fatidique, Keiichi tombe sur la nouvelle d'un meurtre survenu à Hinamizawa. À partir de ce moment, des événements horribles se déroulent devant Keiichi, car il apprend bientôt que ses amis proches ne sont peut-être pas tout ce qu'ils semblent être. Basé sur le jeu de mystère amateur de la 07e extension, l'histoire est racontée dans une série de scénarios différents.