Après avoir emménagé dans la ville tranquille d'Hinamizawa, Maebara Keiichi passe ses journées avec bonheur à l'école, jouant souvent avec ses amis locaux. Cependant, les apparences peuvent être trompeuses. Un jour fatidique, Keiichi tombe sur des nouvelles d'un meurtre qui s'était produit à Hinamizawa. À partir de ce moment, des événements horribles se déroulent devant Keiichi, car il apprend bientôt ses amis proches peut ne pas être tout ce qu'ils semblent. Basé sur le jeu de mystère amateur de 07th Expansion, l'histoire est racontée dans une série de scénarios différents.