Cela fait deux ans et demi que Naruto Uzumaki a quitté Konohagakure, le Village des Feuilles cachées, pour un entraînement intense suite à des événements qui ont alimenté son désir d'être plus fort. Maintenant, Akatsuki, la mystérieuse organisation de ninja voyous d'élite, se rapproche de leur grand plan qui pourrait menacer la sécurité de tout le monde shinobi. Bien que Naruto soit plus âgé et que des événements sinistres se profilent à l'horizon, il a peu changé de personnalité—toujours déchaîné et enfantin—bien qu'il soit maintenant beaucoup plus confiant et possède une détermination encore plus grande à protéger ses amis et sa maison. Quoi qu'il en soit, Naruto poursuivra le combat pour ce qui est important pour lui, même au détriment de son propre corps, dans la suite de la saga sur le garçon qui souhaite devenir Hokage.