Après avoir rejoint la résistance contre le bakufu, Gintoki et le gang se cachent, ainsi que Katsura et ses rebelles Joui. Le Yorozuya est bientôt approché par Nobume Imai et deux membres du Kiheitai, qui expliquent que les pirates Harusame se sont retournés contre le capitaine de la 7e Division Kamui et leur ancien allié Takasugi. Les Kiheitai offrent un travail à Gintoki: retrouver Takasugi, qui a disparu depuis que son navire a été pris en embuscade lors d'un raid Harusame. Nobume fait également une révélation étonnante concernant les Tendoushuu, une organisation secrète tirant les ficelles de nombreuses factions, et leur chef Utsuro, la silhouette ténébreuse ressemblant étrangement à l'ancien professeur de Gintoki.Faisant de l'auto-stop sur le vaisseau spatial de Sakamoto, les Yorozuya et Katsura se sont mis en route pour Rakuyou, la planète natale de Kagura, où les différentes factions se sont rassemblées et où des tensions se préparent. Des rancunes de longue date, des luttes intestines politiques et le sinistre plan global des Tendoushuu aboutissent finalement à une bataille massive et décisive sur Rakuyou.